Кучерова анна: На празднике жизни — LiveJournal

На празднике жизни — LiveJournal

*Кварантин* — это мой дневник *самоизоляции*, проведённой весной 2020 года в одиночку дома в компании воображаемых друзей. Личные впечатления, популярные темы из соцсетей, мемчики и цитаты в ассортименте. Здесь можно прочитать о том, как я рисовала этот проект и посмотреть картинки.

* * *
Этот первый, всеобщий, тотальный карантин я провела на Кипре, успев сбежать из Москвы буквально как Золушка с бала, в последнюю ночь перед закрытием границ. Я просидела дома два с лишним месяца в действительно строгой изоляции: в одиночку, не покидая квартиры, никаких видеочатов, только тексты в соцсетях и иногда звонки родителям. Прямой необходимости в этом не было, даже в условиях карантина можно было куда-то выходить, в магазин или на фитнес. Но мне была неприятна сама мысль — посылать смски, просить у кого-то разрешения. И я решила запереться, пока всё не отменят, и заодно провести психологический эксперимент. Интересно же, на который день крыша потечёт. 🤔😂 Продукты мне возила доставка, свежий воздух и солнце обеспечивал балкон, а кое-какой моцион — беговая дорожка и смутные воспоминания из йоги и цигуна. Работа, рисование, музыка и dr Who — привычная рутина, без лишнего героизма. До мытья посуды разбора шкафов дело опять не дошло. 😂

Я никак не ограничивала себя в чтении соцсетей. Это же уникальный исторический момент: первая пандемия в век интернета, невозможно пропустить такое! Было потрясающе интересно наблюдать, что происходит в разных странах и как через этот кризис вскрываются их слабые и сильные стороны. Интересны реакции людей: недоверие, и страх, и агрессия, и доброта, и трогательная поддержка; слухи, теории заговоров, диванная аналитика; флешмобы, шутки и мемчики — всё это на двух доступных мне языках, ух какой ядрёный коктейль! Я будто снова стала, как много лет назад, студентом-историком и студентом-социологом — хотя, наверное, я никогда и не переставала ими быть.

На этой волне я спонтанно взялась рисовать свои картинки. Такой типа дурашливый дневник, где вперемешку личные впечатления и популярные темы из соцсетей. Когда-нибудь буду листать и вспоминать. Вернее «разматывать» — напечатаю его на рулоне туалетной бумаги, для пущей концептуальности. 😂

Половину иллюстраций я приурочила к #денькрокодила2020 — рисовальному флешмобу в инстаграме, посвященному созданию персонажей. Сомневалась, как получится совместить чужие темы со своим сюжетом — но оказалось не так уж сложно. Задания марафона вносили нужную дозу хаоса в мой проект и пускали мысль по неожиданным маршрутам. Мне нравилось выворачиваться из тесных рамок ТЗ и обходить правила (при их формальном соблюдении), такое рисование — это больше тренировка головы, чем рук.

В общем, с марта по май я была так увлечена, что не почувствовала неудобств от изоляции. Внешний мир остановился, никто меня не дёргал и можно было с головой нырнуть в свои дела. Наверное, стресс всё же был, как и у всех, но он без остатка вылетал в трубу рисунки, чистейшее преобразование энергии! Мозг фонтанировал идеями, меня несло неудержимо, так ржала над собственными шутками — соседи наверно думали, я тут комедии смотрю. 😂 Иррациональное чувство — но мне нравился этот необычный кризис: и шум на весь мир, и всеобщий локдаун, и пиздец экономике, и то как полетел кувырком весь привычный ход вещей. Как будто мироздание покачнулось и невообразимые раньше вещи стали возможны и внезапно даже нормальны. Помню похожее ощущение сдвига 30+ лет назад (но в рамках одной страны) — устрашающе, но дико интересно. Вот так я и сидела, крутила всякое в голове и рисовала картинки, и тут всё закончилось: мой проект, карантин и эта безумная весна.

На Кипре сняли ограничения с перемещений, отменили смс-«разрешения» и комендантский час, и я наконец вышла на свободу. Было немного странно — после двух с лишним месяцев уединения встречаться с живыми людьми. Но человечество и до карантина было странным. Столько лет прошло с моего прилета на Землю, а я всё никак не могу привыкнуть. 🤔🚀

( Смотреть картинкиCollapse )

Анна Кучерова: 5 лет на фотостоках

• Дизайн
• 8 мин на чтение
• 2373

Анна Кучерова рассказала о своем основном способе заработка — фотостоках.

Внезапно. Сегодня исполняется пять лет с момента моей регистрации на Шаттере, и по этому случаю я накатала *краткий* отчет о проделанной работе. Самое время кое-что подытожить, да и коллегам, возможно, будет интересно почитать. Про мотивацию, поиск своей ниши, успехи, кризисы и важные изменения в жизни. С цифрами. 🙂

2010 (1-й год)

К моменту прихода на стоки я года три сидела во фрилансе с несколькими постоянными заказчиками, старыми знакомыми из издательских кругов. Доходы были жалкие, и мне это надоело. Стоял выбор: раскручивать себя как фрилансера (искать другие рынки, более выгодных заказчиков) или пробовать стоки. В случае неудачи и там, и там маячила неприятная перспектива — снова на фултайм в офис. Стоки казались интересными и вроде подходили мне по характеру. Я дала себе на раскрутку год: если за это время не получится, то пришлось бы вернуться к мыслям о фрилансе или офисе.

Безусловно у меня было большое преимущество перед теми, кто приходит на стоки «с нуля»: я уже была крепким профессионалом в области книжной полиграфии со знанием софта и железа и 15-ю годами фотошопа за плечами. Дизайн макетов, обложки, вёрстка, простейшая ретушь, препресс. Однако я никогда не занималась рекламой или упаковкой и не умела делать глянец — этому пришлось учиться. Пару лет до этого я баловалась фотографией, была зеркалка с макрообъективом, но опыта студийной съемки не было — этому тоже пришлось учиться. Первые год-два на стоках ушли не только на поиск темы, но и на обкатку технологии. Начало портфелю было положено десятком тревел-фоток, какими-то текстурами и овощами на белом фоне. Все они были более-менее ужасны, но я их не убираю, пусть все видят. 🙂

Я сразу зарегилась на восьми стоках, на Шаттер прошла с первого раза, на Айс — со второго. Первые полгода загрузки были хаотичными, темы тоже, а доход колебался от $10 до $50 в месяц. А потом я уехала в отпуск, и всё вообще остановилось. К июню прошло уже полсрока, а результат был ерундовый. Но и усилия были ерундовыми тоже. Пора было браться за дело всерьёз, и я поставила себе железное правило грузить по 15 картинок в неделю не смотря ни на какие обстоятельства. Это было трудно, но дело сдвинулось.

Первая расширенная продажа за $28 случилась на восьмой месяц, в августе — продалась сильно ретушированная фотка клубники. Над ней я сидела много часов, замазывая шерсть, и бормотала: «Дура, зачем я это делаю». На форумах тогда были популярны идеи «на ретушь фото нельзя тратить больше 15 минут», «главное — количество» и «новички, не занимайтесь предметкой — там слишком большая конкуренция». Я чувствовала, что нарушаю все стоковые заповеди, но всё равно продолжала маньячить. 🙂 Потому что люблю фотошопить и было интересно, что получится. Просто интересно было, смогу я сделать хорошо или нет. И видимо смогла, потому что пришла расшира, за ней другая, пошли и другие продажи, труд оказался не зря. Самые трудоемкие работы оказывались самыми востребованными.

И тогда я перестала слушать «авторитетные мнения» вообще. Я и раньше редко заглядывала на форумы, а теперь ушла оттуда вовсе. ЖЖ и фейсбука у меня тогда не было. Первые три года я проработала в полной изоляции от микростокового сообщества, не обуждая эти темы ни с кем. Думала, пробовала разное и пыталась нащупать, что из моих умений будет продаваться. Уроков по ретуши я никогда особо не читала — будучи по жизни самоучкой, люблю изобретать свои велосипеды, так интереснее. 🙂 Правы те, кто сравнивает стоки с компьютерной игрой. Это был офигенный азарт и кайф — штурмовать вершину молча, в одиночку, опираясь только на свои решения и навыки, и чувствовать, как она поддаётся. За полгода доход драматически вырос с $65 до $850 в месяц. Параллельно я продолжала свой копеечный фриланс, но уже стало ясно — первый тур со стоками выигран.

2011 (2-й год)

Я разрешила себе немного расслабиться и заливать по 10 картинок в неделю. Часть гнала халтурных, часть вылизывала. Всегда был большой риск, что убьёшь целый день, а картинка «не выстрелит», так бывало очень часто. И бывает до сих пор. Но тех, что «выстреливали», хватало на жизнь. Я пыталась учиться на ошибках, анализировать этот рынок, получалось не всегда, но доход продолжал расти. К концу второго года он перевалил через $2500. Я свернула весь свой фриланс, оставив только одного заказчика для подстраховки.
Я иногда экспериментировала с темами: разная предметка, фоны, картинки к праздникам — но всё это плохо получалось, и я их бросила, сосредоточившись только на фруктах-овощах. Я начала находить примеры использования своих картинок в инете, а потом и в магазинах. Это навело на мысль, что можно ориентироваться на рынок упаковки.

2012 (3-й год)

К третьему году я почувствовала себя достаточно уверенно, чтобы опустить лимит загрузки до 3 штук в неделю. Я лучше чувствовала этот рынок, свою нишу в нём и свои сильные стороны, и каждую картинку делала с прицелом превзойти по качеству конкурентов. Временами это удавалось, они всё чаще стали появляться на первых страницах поиска по популярности.
Вместо прежних мыслей «авось кто-то это купит, не знаю зачем» я начала догадываться о желаниях моих невидимых покупателей и работать почти как во фрилансе, делая картинки специально для использования в упаковке. Всегда было интересно потом найти их и рассмотреть, как они легли в чужой дизайн. Я поняла, что вопреки расхожему мнению на стоках есть обратная связь.

И вместе с тем именно на третий год у меня случился кризис. Чем очевиднее становилось, что я добилась успеха, тем хуже я себя чувствовала. Я раньше никогда не зарабатывала столько денег приятным и интересным мне трудом. Я вообще никогда раньше не зарабатывала столько денег. Мне казалось, что всё это слишком хорошо и не может долго продолжаться — рано или поздно наступит ужасная «расплата». И она наступила: начались серьёзные колебания продаж. Возможно, причиной были какие-то независящие от меня процессы на рынке, не знаю. До этого доход бодро рос каждый месяц, а тут вдруг начал прыгать и медленно понижаться. Настроение у меня было довольно скверное, и это мешало продуктивно работать. Поделиться было не с кем, точнее — формально было с кем, но трудно было ждать особого понимания: все вокруг работали в офисах и получали вдвое меньше моего. К тому же я попала в ловушку, в которую попадают многие фрилансеры: от сидения дома круг общения угрожающе сузился до двух-трех человек. В общем, потихоньку мои дела покатились под гору, каждый месяц доход становился немного меньше, и я уже мрачно прикинула, когда вернусь к исходной точке — нулю. Налицо был явный кризис и торжество негативного мышления. 🙂 Сейчас те скачки мне кажутся не столь уж драматичными, а мрачный прогноз — надуманным, но тогда мне действительно казалось, что всё рушится. Пришлось срочно брать себя в руки и выгонять из головы этого вредного таракана, пока не поздно. Я заставляла себя работать в обычном ритме: сначала дело, а истерики потом.

Тогда произошла перезагрузка многого в жизни. Часть людей из прошлого как-то сами собой отвалились, и на их место пришли новые. Я начала общаться на фейсбуке и в ЖЖ, появились первые стоковые знакомые. Я полностью бросила свой фриланс, бросила художественную фотографию, внезапно занялась керамикой и рисованием (чего никогда раньше не делала), и это дало «второе дыхание», в том числе и на стоках. Мои снимки стали всё больше походить на 3D-рендеры или растровые рисунки. Я давно подозревала, что я какой-то неправильный фуд-фотограф: мне неинтересно выкладывать натюрморты и ставить свет, я лучше потом всё в шопе дорисую. И хотя я как фотограф снимала исходники, но потом обращалась с ними бесцеремонно, как иллюстратор. Разрезать, перекрасить, собрать заново из кусков, нарисовать везде новые тени и блики и размножить результат на кучу симиляров. Я всё ещё числюсь на стоках как фотограф, но меня давно пора выгнать в раздел «иллюстрация». 🙂 Думаю, неслучайно большинство моих нынешних знакомых — векторщики, они мне ближе по духу.

Несмотря на сложности, стоковая среднемесячная «зарплата» в третий год была около $3100.

2013 (4-й год)

Затянувшееся месяцев на семь падение наконец остановилось, снова пошёл рост, потом летний спад, потом снова рост. Четвертый год был в целом похож на предыдущий, но на чуть более высокой планке со средним доходом $3400 в месяц. Я решила, что это нормальный годовой ритм для моего уже не новичкового портфеля, достигнут «потолок» и, может, пора подумать о каких-то ещё способах заработка для надежности, благо свободного времени достаточно. Деньги тоже были, меня со страшной силой потянуло путешествовать и я озаботилась тем, чтобы эффективно организовать свою работу во время поездок.

2014 (5-й год)

Я ошиблась насчет «потолка»: доход снова пошёл вверх и в течение пятого года колебался вокруг цифры $4300. Возможно, свои плоды принесли мои увлечения. Я всё свободное время отдавала рисованию, фотографии и дизайну и здорово выросла, в том числе и как стокер. Это называется «синергия», когда умения из разных (но в целом близких) областей значительно усиливают друг друга. И я продолжаю развивать эти умения, они ещё пригодятся в моём послестоковом будущем.
Больше трети этого года я провела в путешествиях и научилась работать в пути так же эффективно, как дома. И в каждой стране, заходя в магазин, я вижу мои картинки на упаковках. 🙂
Сейчас я работаю со всеми живыми стоками (общим числом 14), нервы у меня теперь покрепче, сезонные колебания продаж больше не вызывают паники, а экономические и политические потрясения удаётся встречать с почти буддийским спокойствием. На делание картинок я трачу примерно один день в неделю, всё остальное время вкладываю в своё будущее: учёбу, планирование, поиск информации, общение, путешествия, некоммерческие творческие проекты. Как стоковому фотографу иллюстратору мне ещё много есть куда расти, я знаю свои постыдные косяки и работаю над тем, чтобы стать лучше. 🙂

2015 (6-й год)

Сейчас начинается мой шестой год на стоках. Пять лет назад, регистрируясь на Шаттере, я даже представить не могла, какую лавину изменений страгиваю с места. Это удивительно. Я хотела просто подшибить немного денег, а в результате эта работа буквально выдернула меня из старого образа жизни — в большой мир, за пределы российской экономики, дала свободу передвижения, совершенно другой уровень самостоятельности и уважения к себе, понимание того, что такое пассивный доход, как вообще надо работать и с кем. В свое время я сделала важный шаг к этому, уйдя из офиса во фриланс. Но шаг из фриланса на стоки был намного больше и важнее. И очень интересно, что будет дальше.

К cвоей стоковой тематике я отношусь иронически: это всего лишь глянцевые яблоки, тут нет ни творчества, ни «самовыражения», я даже не фанат ботаники. Но я хороший ремесленник, и мне нравится фотошопить — это сродни медитации. Фрукты? Ну ок, пусть будут фрукты. Ими вполне интересно заниматься, если не каждый день. Всю жизнь помимо основной работы у меня была куча «хобби», часть из которых потом переросли в профессии. Они есть и сейчас, и все свои дела я люблю, хоть и по-разному. 🙂

Думаю, как и в любом деле, успех на стоках в основном зависит от характера. Умения тоже важны, но психология важнее. Я знаю, какие качества помогли мне подняться, но они же не дадут вскарабкаться сильно выше: есть предел, выше которого даже очень способный профессионал-одиночка не может прыгнуть. Поэтому что-то в этой бизнес-модели со временем придётся менять, но пока не знаю в какую сторону: мне не по душе ни фриланс, ни преподавание, ни создание своей студии, как это делают многие более деловые коллеги.

У меня будет что-то другое. Но мне очень интересно наблюдать, как у всех вас идут дела и как через работу со стоками проявляют себя разные, непохожие друг на друга характеры. 🙂

И вот на этом я отчёт пожалуй закончу, всем спасибо за внимание, следующий будет через пять лет. 🙂

• #дизайн
• #фото
• #фотосток

• 5

популяции комодских варанов: сколько из этих огромных существ все еще бродят по Земле?

Комодский варан ( Varanus komodoensis ) классифицируется как находящийся под угрозой исчезновения в Красном списке Международного союза охраны природы (МСОП). В дикой природе осталось 1383 половозрелых особи.

Что делается для спасения вида? Что говорят тренды о будущем комодского варана? Как мы узнаем больше о самой большой живой ящерице в мире? Давайте изучим ответы вместе.

Открытие дракона

В начале 20-го века ходили слухи о драконе, обитавшем на Малых Зондских островах индонезийского архипелага. Истории об этом звере казались слишком фантастическими, чтобы в них можно было поверить, до 1910 года, когда впервые была задокументирована огромная рептилия.

Лейтенант по имени Жак Карел Анри ван Стейн ван Хенсбрук находился в восточной Индонезии в составе оккупационных голландских колониальных войск. Находясь на острове Флорес, он слышал рассказы об этом драконе, или «сухопутном крокодиле», как некоторые его называли. Сообщается, что его видели на острове Комодо, недалеко от его поста на острове Флорес. Лейтенант решил проверить это сам.

Слухи, дошедшие до Стейна ван Хенсбрука о драконах, бродящих по острову Комодо, оказались правдой!

©ГУДКОВ АНДРЕЙ/Shutterstock. com

Стейн ван Хенсбрук вернулся из этой экспедиции не просто с фантастической историей о мифическом звере. Он вернулся, вооруженный фотографией и шкурой животного. Он отправил шкуру майору Питеру Оуэнсу, который был директором зоопарка на территории нынешнего Богора на Яве. Оуэнс нанял охотника, который принес еще четыре экземпляра. Директор зоопарка представил западному миру дракона Комодо в 1912 публикация.

Где сегодня живут комодские вараны?

С момента первоначального открытия комодские драконы были зарегистрированы на шести островах Республики Индонезия: Комодо, Падар, Ринка, Гили Мотанг, Гили Дасами и Флорес. На одном из этих островов рептилия была полностью истреблена. На острове Падар комодских варанов не видели с 1970-х годов из-за браконьерства на тиморских оленей, которые являются основным источником пищи для драконов. Драконы также находятся под серьезной угрозой на острове Флорес.

На этой карте показаны исторический и современный ареал комодского варана.

©Tommyknocker at en.wikipedia / Public domain — License

Как видно из этой карты, только часть небольшой первоначальной среды обитания комодского варана все еще имеет популяцию этих ящериц. Остров Флорес, безусловно, самый большой в естественном ареале дракона, является домом для почти двух миллионов человек. Утрата среды обитания в результате развития и сельского хозяйства уничтожила популяцию ящериц на острове.

Наряду с развитием человечества, частые выжигания пастбищ для охоты на тиморских оленей оказали разрушительное воздействие на популяцию драконов. На этих рептилий также активно охотились. В прошлом фермеры выискивали и убивали комодо из-за угрозы, которую они представляли для домашнего скота. Сегодня популяция драконов Комодо на острове Флорес ограничена несколькими небольшими заповедниками.

Национальный парк Комодо

Оставшиеся четыре острова с популяциями драконов Комодо теперь входят в состав Национального парка Комодо. Парк был создан в 1980 году для защиты этих варанов от вымирания. В 1986 году Организация Объединенных Наций по вопросам образования, науки и культуры признала этот парк объектом Всемирного наследия.

Национальный парк Комодского дракона был основан в 1980 году для защиты от исчезновения этих гигантских варанов, находящихся под угрозой исчезновения.

©Анна Кучерова/Shutterstock.com

Благодаря созданию этого защищенного пространства популяция драконов Комодо стабилизировалась. По оценкам МСОП, наряду с 1383 взрослыми особями, зарегистрированными МСОП, на этих небольших индонезийских островах проживает более 3400 молодых особей. Это, конечно, не так много для мировой популяции вида, но численность больше не уменьшается.

Высшие хищники

Драконы Комодо находятся на вершине пищевой цепи на своих родных островах. Эти ящерицы могут вырасти более десяти футов в длину и весить 300 фунтов и более. Комодский варан — самый крупный из более чем 3000 живых видов ящериц, и у него есть соответствующий аппетит.

Драконы Комодо — высшие хищники своего небольшого островного ареала.

©Sergey Uryadnikov/Shutterstock.com

Драконы Комодо — свирепые высшие хищники, которые зависят от животных, которые намного крупнее их самих. Эти плотоядные рептилии также не привередливы в еде. Они будут есть мясо практически любого доступного им животного. Их любимой добычей является тиморский олень, но эти ящерицы также предшествуют кабанам, крысам, азиатским пальмовым циветтам, змеям, водяным буйволам, рыбам, птицам, козам, курам и яйцам. Они даже будут каннибализировать свой собственный вид. Меньшие драконы могут составлять до 10% рациона дракона Комодо. Вот почему детеныши дракона Комодо сразу же бросаются на дерево. Птенцы комодо отлично лазают по деревьям, но взрослые особи слишком тяжелы для лазания по деревьям.

Эти наблюдатели также собирают падаль. Их обоняние настолько развито, что они могут учуять запах падали на расстоянии до пяти миль. Известно, что драконы Комодо даже выкапывают свежезакопанные человеческие тела и поедают останки!

Драконы на охоте

Во время охоты драконы Комодо вонзают в свою жертву 60 больших изогнутых зазубренных зубов. Если животное избежит первого укуса, оно почти наверняка обречено. Рот ящерицы наполнен смертельными бактериями, которые вызывают сепсис у жертв укуса в течение нескольких дней. Комодский варан может позволить себе быть терпеливым в ожидании этой еды. Запасы жира в хвосте позволяют этому варану обходиться без еды более месяца.

Дракон Комодо может показаться беззубым, но это не так!

©vladivlad/Shutterstock.com

Как только у комодо появляется жертва, которой он может полакомиться, он яростно разрывает ее на части, проглатывая большие куски одним глотком. Дракон может съесть до 80% своего веса за один прием пищи!

Эти гигантские вараны живут в основном в тропических саваннах этих нескольких индонезийских островов, но они также являются мобильными хищниками. Их можно найти блуждающими по большей части топографии островов, от пляжей до высоких хребтов. Дракон Комодо может преодолеть семь миль за день.

Эта массивная ящерица также умеет плавать. Если кажется, что пищи не хватает, дракон Комодо может плавать на большие расстояния, преодолевая сильные океанские течения, чтобы посетить другой остров в пределах своего ареала.

Как высшие хищники, драконы Комодо являются важной частью сбалансированной экосистемы. Всякий раз, когда популяция главного хищника сокращается, некоторые животные-жертвы могут перенаселяться. Это часто приводит к сокращению количества растений и трав, необходимых животным для выживания. Упадок высшего хищника запускает разрушительный эффект домино на всю экосистему.

Будущее драконов Комодо

Местные индонезийцы называют дракона Комодо ора или биавак раксаса , что означает «гигантский варан». Дракон Комодо — важная часть истории и культуры Индонезии. Создание национального парка Комодо вполне могло спасти эту рептилию от вымирания в дикой природе.

Тем не менее, работа должна продолжаться. Общая площадь пяти индонезийских островов, на которых остались эти вараны, примерно равна площади Род-Айленда. Драконы Комодо имеют самый маленький ареал среди всех крупных хищников в мире. 900:05 Рейнджеры и персонал Национального парка Комодо по-прежнему будут играть важную роль в защите и размножении самой большой в мире ящерицы: комодского дракона.

©iStock.com/ClaudineVM

При таком небольшом ареале необходимо продолжать интенсивное управление средой обитания, если комодский варан хочет выжить. С такой крошечной территорией, на которой обитает вся дикая популяция этих драконов в мире, мало места для ошибки в сохранении самой большой в мире ящерицы.

Вверх Далее:

• Посмотрите, как аллигатор кусает электрического угря напряжением 860 вольт
• 15 самых глубоких озер в США
• Посмотрите, как большая белая акула преследует ребенка на буги-борде

Компьютерное моделирование конформационных изменений белков. открытие шипа SARS-CoV-2

. 2021 1 ноября; 444:110591.

doi: 10.1016/j.jcp.2021.110591. Epub 2021 26 июля.

Анна Кучерова ¹ , Сельма Странго ¹ , Шахар Сукеник ² , Максим Тейяр ¹

Принадлежности

• ¹ Факультет прикладной математики Калифорнийского университета, Мерсед, Калифорния 95343, США.
• ² Факультет химии и химической биологии Калифорнийского университета, Мерсед, Калифорния 95343, США.

• PMID: 36532662
• PMCID: PMC9749448
• DOI: 10.1016/j.jcp.2021.110591

Бесплатная статья ЧВК

Кучерова Анна и др. J Вычислительная физика. 2021 .

Бесплатная статья ЧВК

. 2021 1 ноября; 444:110591.

doi: 10.1016/j.jcp.2021.110591. Epub 2021 26 июля.

Авторы

Анна Кучерова ¹ , Сельма Странго ¹ , Шахар Сукеник ² , Максим Тейяр ¹

Принадлежности

• ¹ Факультет прикладной математики Калифорнийского университета, Мерсед, Калифорния 95343, США.
• ² Кафедра химии и химической биологии, Калифорнийский университет, Мерсед, Калифорния 95343, США.

• PMID: 36532662
• PMCID: PMC9749448
• DOI: 10. 1016/j.jcp.2021.110591

Абстрактный

Мы представляем новый подход к вычислению и анализу динамических электрогеометрических свойств белков, претерпевающих конформационные изменения. Молекулярная траектория получается из марковских моделей состояния, а электростатический потенциал рассчитывается с использованием континуального уравнения Пуассона-Больцмана. Численный электрический потенциал строится с использованием параллельного точного числового решателя, реализованного на адаптивных сетках Octree. Представляем роман апостериорные оценки ошибок для количественной оценки точности решения на молекулярной поверхности. Чтобы проиллюстрировать подход, мы рассмотрим открытие спайкового белка SARS-CoV-2 с использованием недавней молекулярной траектории, смоделированной в рамках инициативы Folding@home. Мы анализируем наши результаты, уделяя особое внимание характеристикам рецептор-связывающего домена и его окрестностей.

Эта работа закладывает основу для нового класса гибридных вычислительных подходов, производящих высокоточные динамические вычислительные измерения, служащие основой для исследований белковых биомеханизмов.

Ключевые слова: COVID-19; Молекулярная траектория; Многомасштабное моделирование; Пуассона-Больцмана; SARS-CoV-2; Спайковый белок.

© 2021 Автор(ы).

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что у них нет известных конкурирующих финансовых интересов или личных отношений, которые могли бы повлиять на работу, представленную в этой статье.

Цифры

Рис. 1

Спайковый белок SARS-CoV-2, визуализированный в…

Рис. 1

Спайковый белок SARS-CoV-2 визуализируется в его закрытом ( a ) и открытом (…

рисунок 1

Спайковый белок SARS-CoV-2 визуализируется в его закрытом ( a ) и открытом ( б ) государства. Четыре пары атомов вместе с разделяющими расстояниями, используемые для количественной оценки открытия зазора, представлены прямыми сплошными цветными линиями. ( c ) Относительное расстояние (Å) между произвольно выбранными парами атомов представлено как функция времени. Один атом выбирается на рецептор-связывающем домене (RBD), а другой напротив RBD поперек отверстия шиповидного белка. Это расстояние относится к среднему расстоянию между каждой соответствующей парой атомов (1, 2, 3 и 4 на графике), отсюда и термин «относительное расстояние». (

d ) Среднеквадратичное отклонение (RMSD) рассчитывается как функция времени с кадром 1 (закрытое состояние) в качестве опорного кадра. (Для интерпретации цветов на рисунках читатель может обратиться к веб-версии этой статьи.)

Рис. 2

( a ) Визуализация…

Рис. 2

( a ) Визуализация белковой молекулы Spike, вид сверху…

Рис. 2

( a ) Визуализация вида сверху молекулы белка Spike (окрашена мономером). Цвет обозначает три мономера ( b ). Диаграмма общей молекулярной поверхности в разрезе, изображающая поверхность Ван-дер-Ваальса (vdWS), поверхность, исключенную для растворителя (SES), и поверхность, доступную для растворителя (SAS). ( c ) Представление белка Spike в SES, ориентированное так же, как на рис. ( и ) (вид сверху).

Рис. 3

Визуализация всего вычислительного…

Рис. 3

Визуализация всего вычислительного домена, спайкового белка SARS-CoV-2 (кадр 1) и лучших…

Рис. 3

Визуализация всей вычислительной области, спайкового белка SARS-CoV-2 (кадр 1) и самой мелкой сетки, использованной для этого исследования (уровень 11 с 34 362,796 узлов). Вычислительные ячейки окрашены в соответствии с их уровнем дерева (, т.е. количество последовательных подразделений сетки, необходимых для их построения). Для наглядности изображена только половина сетки.

Рис. 4

( a ) Эволюция…

Рис. 4

( a ) Эволюция шипа Растворитель Исключено Поверхность и электростатический потенциал…

Рис. 4

( a ) Эволюция поверхности, исключенной растворителем, и электростатического потенциала шипа по мере увеличения максимального разрешения. (вид сверху вниз в закрытой конфигурации (кадр 1)). ( b − d ) Сходимость представления интерфейса ( e _Γ ), поверхностного нормального электрического потенциала ( e _{E E ) и поверхностного потенциала ( 9 e ψ} ).

Рис. 5

( a ) Карта потенциальных возможностей…

Рис. 5

( a ) Потенциальная карта всплеска SARS-Cov-2, открытая (кадр 1), промежуточная…

Рис. 5

( a ) Карта потенциальных шипов SARS-Cov-2 в открытой (кадр 1), промежуточной (кадр 35) и закрытой конфигурации (кадр 71). ( b ) Эволюция отрицательно заряженного ядра по мере раскрытия шипа. ( c ) Отталкивающее электрическое облако, создаваемое отрицательно заряженным ядром. ( d − e ) Характеристика отрицательно заряженного ядра χ и отталкивающего электрического облака C: относительный размер ( d ) и потенциал ( e ) вариации по всей молекулярной траектории.

Рис. 6

( a ) Часть…

Рис. 6

( a ) Часть рецептора ACE2 с поверхностным зарядом (слева). ACE2…

Рис. 6

( a ) Часть рецептора ACE2 с поверхностным зарядом (слева). ACE2 и RBD шипового белка соединены (справа). ( b ) Сайт связывания ACE2 выделен зеленым цветом (слева). Сайт связывания ACE2 выделен внутри соединения ACE2 (оранжевый) и RBD (желтый) (справа). ( c ) Шип SARS-Cov-2 в открытой конформации с RBD (желтый) и сайтом связывания, B (зеленый) выделен. ( d − e ) Характеристики сайта связывания B шиповидного белка. ( d ) Относительная дисперсия площади и абсолютной кривизны вместе со средним потенциалом. д) средний положительный и отрицательный потенциал.

Рис. 7

Линии тока и направления…

Рис. 7

Линии тока и направление электрического поля в закрытом (сверху) и открытом…

Рис. 7

Линии тока и направление электрического поля в замкнутой (вверху) и открытой (внизу) конфигурациях. При раскрытии шипа также наблюдается раскрытие линий тока, исходящих из верхней части молекулы. Этот эффект особенно заметен для линий, выходящих из домена RBD (открытый край справа).

Рис. 8

Линии тока электрического поля…

Рис. 8

Линии тока электрического поля ( E = − ∇ ψ ˆ )…

Рис. 8

Линии тока электрического поля (E=−∇ψˆ) в замкнутой ( a ) и разомкнутой ( b ) конфигурациях во всей расчетной области. Часть линий тока, где электрическое поле направлено от белка ( , то есть ∇ ψ ⋅ x = − E ⋅ x <0), и, следовательно, к нему будут притягиваться отрицательные заряды, изображено синим цветом. . ( c ) и ( e ) представляют главные направления диполя D (черным цветом) и квадруполя Q , в начальной и конечной конфигурациях соответственно. Для квадруполя фиолетовые направления (собственные векторы) связаны с отрицательными собственными значениями. Серый имеет положительное собственное значение. Все длины сегментов пропорциональны силе соответствующего полюса ( т.е. норма диполя или соответствующего собственного значения). Сайт связывания белка изображен непрозрачным. ( d ) Изображает эволюцию нормы всех четырех первых моментов. Мы используем стандарт L ² входная норма.

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Похожие статьи

• ARGOS: Целевой решатель с адаптивным уточнением для линеаризованного уравнения Пуассона-Больцмана.

  Наков С., Собакинская Е., Ренгер Т., Краус Дж. Наков С. и соавт. J Comput Chem. 2021 5 октября; 42 (26): 1832-1860. doi: 10.1002/jcc.26716. Epub 2021 24 июля. J Comput Chem. 2021. PMID: 34302374

• Компьютерное прогнозирование влияния мутаций в рецептор-связывающем домене на взаимодействие между SARS-CoV-2 и человеческим ACE2.

  Челик И., Хан А., Двивани Ф.М., Фатимавали, Вей Д.К., Таллей Т.Е. Челик И. и др. Мол Дайверс. 2022 Декабрь; 26 (6): 3309-3324. doi: 10.1007/s11030-022-10392-x. Epub 2022 9 февраля. Мол Дайверс. 2022. PMID: 35138508

• Управляемая фрустрацией аллостерическая регуляция и передача сигнала в структурах тримера омикронного шипа SARS-CoV-2: перекрестные помехи сайтов мутации омикрон аллостерически регулируют компромисс между стабильностью белка и конформационной адаптивностью.

  Верховкер Г.М., Агаджанян С., Кассаб Р., Кришнан К. Верховкер Г.М. и соавт. Phys Chem Chem Phys. 2022 27 июля; 24 (29): 17723-17743. дои: 10.1039/d2cp01893d. Phys Chem Chem Phys. 2022. PMID: 35839100

• Особенности CPB: решатель Пуассона-Больцмана, использующий адаптивную декартову сетку.

  Фенли М.О., Харрис Р.К., Маккой Т., Бошич А.Х. Фенли М.О. и соавт. J Comput Chem. 2015 5 февраля; 36 (4): 235-43. doi: 10.1002/jcc.23791. Epub 2014 27 ноября. J Comput Chem. 2015. PMID: 25430617 Бесплатная статья ЧВК.

• Структурные и вычислительные исследования механизмов связывания шиповидных белков SARS-CoV-2 с нанотелами: от структуры и динамики до разработки нанотел, управляемой авидностью.

  Верховкер Г. Верховкер Г. Int J Mol Sci. 2022 8 марта; 23 (6): 2928. дои: 10.3390/ijms23062928. Int J Mol Sci. 2022. PMID: 35328351 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Рекомендации

1. 1. Складной дом. http://foldingathome.org
2. 1. Амин М., Сорур М.К., Касри А. Сравнение связывающих взаимодействий в доменах связывания рецепторов sars-cov-2 и sars-cov. Дж. Физ. хим. лат. 2020;11(12):4897–4900. PMID: 32478523. — ЧВК — пабмед
3. 1. Бейкер Н.

      No related posts.